工程审计的负责部门需根据审计主体和项目性质进行区分，具体如下：

一、政府层面（审计局职责）

1. 直接负责审计

政府投资的工程项目（如基础设施建设项目）的工程审计通常由各地审计局直接负责，属于国家审计机关的法定职责。

2. 委托中介机构

若审计局自身缺乏专业能力，会委托具备资质的工程造价咨询公司或会计师事务所进行具体审计工作。

二、企业层面（内部审计与外部审计）

1. 内部审计部门

企业内部通常由工程部（基建部门）和财务审计部门共同负责工程审计，主要承担日常工程支出合规性审查和财务审计配合工作。

2. 外部审计机构

• 工程造价审计 ：一般委托具备工程造价资质的咨询机构进行，重点审核工程造价合理性、合规性及成本控制。

• 竣工财务决算审计 ：部分大型项目会聘请会计师事务所进行，审查总造价与实际支出差异及资金使用合规性。

三、审计实施特点

• 审计局审计 ：具有强制性和权威性，可直接检查财务账目，对施工单位和甲方均具有监督权力。

• 中介审计 ：侧重专业技术审查，需配合审计局或企业内部审计部门提供财务数据。

四、费用承担

审计费用通常由建设单位承担，分为基本收费（总造价的0.1-0.3%）和追加收费（审减金额的4-9%）两部分。

综上，工程审计并非完全由审计局负责，而是根据审计主体和项目类型，由审计局直接审计或委托中介机构实施，同时企业内部审计部门也承担相应职责。