自然资源局（自然资源部）作为整合多部门职能的综合性管理机构，与其他部门的关系体现在以下方面：

一、与原职能部门的整合关系

1. ‌整合多部门核心职责‌
   自然资源局由原国土资源部、国家海洋局、国家测绘地理信息局合并组建，并整合了国家发改委（主体功能区规划）、住建部（城乡规划）、水利部（水资源调查）、农业部（草原管理）、原国家林业局（森林资源管理）等部门的自然资源管理职责‌。

2. ‌取代原国土资源局职能‌
   自然资源局在国土资源局的基础上，扩展了规划审批、生态管控等职能，成为覆盖山水林田湖草等全域自然资源管理的“大部门”‌。

二、与保留牌子部门的管理关系

1. ‌对外保留国家海洋局牌子‌
   自然资源部作为国务院组成部门，对外保留国家海洋局牌子，统筹海洋资源管理及海洋经济发展‌。

2. ‌直管国家林业和草原局‌
   国家林业和草原局由自然资源部直接管理，负责森林、草原、湿地等生态资源的保护与修复‌。

三、与地方及职能交叉部门的协作关系

1. ‌与地方政府的分工‌
   自然资源局通过垂直管理体系指导地方自然资源部门工作，例如监督地方国土空间规划实施、确权登记等‌。

2. ‌跨部门协同机制‌

   • 与生态环境部：在生态保护红线划定、生态修复等领域协作；
   • 与农业农村部：协调耕地保护与农业用地规划；
   • 与水利部：联合开展水资源调查监测‌。

四、改革目标与职能定位

通过整合“九龙治水”的分散管理模式，自然资源局实现了自然资源资产所有者职责与国土空间用途管制职责的统一，避免了职能重叠和权责不清的问题‌。