根据相关政策和流程，科目二考试连续五次未通过后的处理方式如下：

一、是否需要主动退档

1. ‌多数情况需退档‌
   科目二五次挂科后，通常需要注销原有档案才能重新报考。车管所会将原档案退档，但具体是否需要本人亲自办理存在地区差异‌。

   • ‌部分地区自动退档‌：个别地区可能由车管所直接完成退档，无需本人操作‌。
   • ‌需主动办理的情况‌：大多数地区需本人或委托原驾校到车管所提交退档申请，并补齐补考费‌。

2. ‌未主动退档的后果‌
   若未及时注销，原档案可能因系统锁定影响后续考试报名‌。

二、退档办理流程

1. ‌所需材料‌

   • 身份证及复印件
   • 原驾校开具的档案注销证明
   • 考试档案
   • 填写《驾驶证档案注销申请表》‌。

2. ‌办理方式‌

   • ‌本人办理‌：携带材料到原建档车管所窗口申请‌。
   • ‌委托驾校代办‌：通过原驾校提交申请，需提供身份证明‌。

三、重新报考注意事项

1. ‌成绩与费用‌

   • 原合格科目（如科目一）成绩作废，需重新参加所有考试‌。
   • 需补交所欠补考费方可重新建档‌。

2. ‌时间限制‌

   • 若三年内未完成所有科目考试，学籍档案自动作废，需重新报名并注销原档案‌。

四、建议

由于具体流程可能因地区政策不同，建议直接咨询当地车管所或驾校，确认是否需要本人办理退档手续‌。