武汉大学未入选C9高校联盟的主要原因可归纳为以下四点：

1. 学科定位与历史原因

   武汉大学原为以文科见长的百年名校，与中国人民大学类似，侧重人文社会科学。而C9联盟高校多聚焦理工科领域（如中科大、清华等），与武大的学科特色不匹配。

2. 合并计划未果

   1998年教育部为湖北预留C9名额，计划将武汉大学与华中理工大学合并以提升综合实力。但因两校均拒绝合并，导致湖北省失去首批985高校资格，武大也未以合并后的形式进入C9。

3. 综合实力与战略需求

   当时武大整体实力（尤其是理工科）未达到C9高校的入选标准。C9联盟更倾向于选择在科研、学科建设等方面具有突出优势的高校，以服务国家科技战略需求。

4. 联盟成立时间滞后

   C9高校联盟成立于2009年，而武大于2000年才进入985工程，时间上存在差距。高校联盟的动态调整机制也导致早期未入选的高校后续发展变化。

总结 ：武大未入选C9是学科定位、历史合并计划、综合实力及联盟成立时间等多重因素共同作用的结果。当前其综合实力已显著提升，C9联盟的划分更多体现历史背景而非绝对实力。