内蒙古本科院校排名中，综合实力最强的三所高校依次是内蒙古大学、内蒙古农业大学和内蒙古师范大学，其中内蒙古大学作为国家“211工程”重点建设院校，稳居自治区榜首，并在全国本科院校中位列第120名左右。

1. 内蒙古大学：自治区内唯一“211工程”高校，以综合性学科见长，涵盖文、理、工等多领域，科研实力突出，尤其在畜牧生物技术领域培育了国内首批试管绵羊、试管牛，全国排名稳定在120-160名区间。

2. 内蒙古农业大学：以农科和草原畜牧业为特色，学科门类齐全，拥有完整的本硕博培养体系，在校生规模超3.5万人，全国排名约150-220名，是自治区农业科技创新的核心基地。

3. 内蒙古师范大学：边疆少数民族地区最早的师范类高校，教师教育和民族教育优势显著，开设95个本科专业，博士学位授权点8个，全国排名常居175-200名，为内蒙古基础教育输送大量人才。

其他表现突出的院校包括内蒙古工业大学（工科强校）、内蒙古科技大学（理工结合）及内蒙古财经大学（经管特色），均位列自治区前十。考生可根据学科偏好、就业方向等综合选择。内蒙古高等教育资源逐步优化，多所院校在全国排名稳步提升，为本地及周边学子提供了多样化选择。