合肥本科大学排名以中国科学技术大学为榜首，该校全国排名第3位，合肥工业大学、安徽大学紧随其后分别位列第5和第84位，公办本科院校整体竞争力较强。

2025年合肥公办本科院校中排名靠前的院校包括中国科学技术大学（全国第3位，物理类录取分数线680分）、合肥工业大学（全国第5位，物理类593分、历史类598分）、安徽大学（全国第84位，物理类589分、历史类586分），这3所学校属于“双一流”建设高校，综合实力和学科优势突出。其他如安徽农业大学（全国第158位，物理类521分、历史类560分）、安徽医科大学（全国第138位，物理类519分、历史类478分）、安徽建筑大学（全国第268位）等也具有较好的专业特色和教学质量，在省内外具备一定的影响力。

安徽艺术学院、安徽中医药大学、合肥大学、合肥师范学院、巢湖学院等本科院校均居全国300名左右，学科建设各有侧重，分数线集中在物理类500-530分和历史类500-540分区间，适合省内考生根据分差和专业兴趣报考。民办院校中安徽新华学院、合肥城市学院、合肥经济学院等因学费较高但实践性强，更适合预算充裕且倾向应用型专业的学生，录取线在460-470分左右，位次在15-16万名左右。

综合来看，合肥的本科院校层次分明，既有顶尖学府提供高精尖科研资源，也有地方高校提供稳定的升学就业机会，建议考生结合目标专业、地域偏好及分数进行合理选择。