初中毕业后档案在自己手中的主要原因可归纳为以下四点，涵盖学校管理、个人意识、单位安排及法规执行等方面：

1. 学校档案管理疏忽

   部分学校为简化流程，直接将档案交给学生个人处理，而非按规定转递至人才市场或单位。这种做法易导致档案长期滞留，甚至成为死档。

2. 个人档案意识淡薄

   应届毕业生对档案重要性认识不足，认为无需办理存档手续，或因疏忽未及时转移档案。部分人甚至将档案用于保存个人文件，忽视了其法律效力和就业影响。

3. 企业单位档案管理不规范

   一般私企无权存放档案，且部分企业因社保缴纳与档案无关而忽视其作用。原单位离职后可能将档案交给个人，但未办理正式托管手续。

4. 法律法规执行与档案时效问题

   档案在个人手中存放超过法定时限（通常不超过1年）即可能成为死档，影响公务员录用、事业单位招聘、职称评定等。部分人因不了解规定或故意违规导致档案过期。

建议 ：毕业后应及时联系学校或户籍地人才市场办理托管，避免长期个人保管。若单位接收档案，需确认其具备人事权并办理正式手续。