特殊行业经营许可证办理难度因行业而异，总体来说办理过程可能较为复杂。

特殊行业通常涉及一些特定的经营范围，如危险化学品、烟草、医疗、金融等，这些行业由于涉及公共安全、健康或经济稳定，受到更严格的监管。办理特殊行业经营许可证可能面临以下挑战：

1. 复杂的审批流程：特殊行业的许可证办理通常需要经过多个政府部门的审批，每个部门可能有其特定的要求和流程。这可能包括提交详细的申请材料、进行现场检查、满足特定的安全或卫生标准等。

2. 严格的合规要求：特殊行业通常受到更严格的法律法规和行业标准的约束。申请人需要确保其经营活动符合所有相关的要求，包括但不限于安全管理、环境保护、产品质量等方面。

3. 专业知识和经验要求：某些特殊行业可能要求申请人具备特定的专业知识或经验，如医疗行业的医生资质、金融行业的从业资格等。这可能增加了办理许可证的难度，特别是对于没有相关背景的申请人来说。

4. 时间和成本投入：由于特殊行业许可证办理的复杂性，整个过程可能需要较长的时间，并涉及一定的成本。这包括准备申请材料的时间、等待审批的时间、可能需要的第三方评估或检测费用等。

尽管特殊行业经营许可证的办理可能具有挑战性，但对于符合要求的申请人来说，通过仔细准备申请材料、确保合规性以及必要时寻求专业帮助，仍然可以成功获得许可证并合法开展经营活动。如果您计划从事特殊行业，建议您详细了解相关行业的法律法规和许可证办理要求，以便做出充分的准备。