毕业时学校从二本升级为一本，毕业证书的学历层次仍以入学时的批次为准，不会因在校期间的专业升级而改变。具体说明如下：

1. 毕业证书学历不变

   毕业证上仅标注“本科”字样，不会明确显示“一本”或“二本”，学历层次以入学时学校批次划分为准。

2. 用人单位的认知差异

   • 部分企业可能仍以入学批次（如985、211名单）作为分类标准，导致毕业生在求职时被误认为原批次学校。

   • 若学校在招生时已明确标注为“一本”批次，部分企业可能认可其升级后的身份。

3. 专业升级不影响学历

   学校或专业在在校期间从二本提升为一本，仅影响招生批次和部分企业认知，不影响毕业证书的学历属性。

4. 特殊案例说明

   极少数情况下，若学校通过教育部审核正式升格为一本，且招生时已按一本批次录取，毕业证可能标注新校名（如湖南农业大学等）。

总结 ：毕业证书学历以入学批次为准，专业升级或学校升格不影响学历认定，但可能影响就业中的企业认知。建议毕业生在简历中注明实际学历层次，并提前了解目标企业的招聘标准。