科目三考试五次未通过后，档案会自动注销，无需手动操作，但已通过的科目成绩作废，需重新报名并缴纳费用从头开始考试。

1. 自动注销机制
   根据驾考规定，科目三五次考试均未通过时，系统会自动注销考试资格，无需学员亲自到车管所办理。此规则同样适用于科目二，五次失败后所有已通过科目成绩清零。

2. 重新报名流程
   档案注销后，若想继续考取驾照，需重新选择驾校报名，并支付全额培训费用。部分驾校可能针对老学员提供优惠，但需与驾校协商具体金额。

3. 费用与时间成本
   重新报名意味着从科目一开始学习，包括理论培训和实操练习，需额外投入时间和费用。建议提前与驾校确认收费标准，避免纠纷。

4. 注意事项
   考试失败后，应及时与驾校沟通后续安排，避免因档案注销导致信息混乱。部分地区的车管所可能要求结清补考费后再受理新报名。

科目三五次不过虽无需手动注销档案，但需承担成绩作废和重新备考的后果。建议学员考前充分练习，或咨询教练制定针对性训练计划，提高通过率。