底薪3000元加绩效3000元的薪资结构是否合法，取决于劳动合同约定、考核制度合规性及扣除合理性。若绩效部分明确约定为浮动工资且扣除后不低于最低工资标准，则合法；反之，若全扣绩效导致实发工资低于法定底线或缺乏合同依据，则属违法。

核心要点分析

1. 合同约定优先
   绩效工资的扣除必须以劳动合同书面约定为前提，口头承诺无效。例如，合同中需明确绩效的计算方式、达标标准及扣除规则，否则企业单方面扣减属于违法行为。

2. 制度程序合规
   企业绩效考核制度需通过民主程序（如职工大会讨论）并公示，且标准需合理。若仅以“业绩未完成”为由全扣绩效，但未提供具体考核依据，可能被认定为变相克扣工资。

3. 扣除金额限制
   即使合法扣除绩效，实发工资不得低于当地最低工资标准。例如：若底薪3000元+绩效3000元，全扣绩效后仍高于最低工资则合法；若底薪仅2000元，全扣绩效后低于最低工资则违法。

4. 举证责任在企业
   发生劳动争议时，企业需提供绩效未达标的证据及合法扣除依据。若无法举证，劳动者可通过仲裁主张补发工资及25%补偿金。

总结建议

劳动者应仔细核对劳动合同条款，留存考核记录；企业需确保绩效制度透明合法，避免因程序瑕疵引发纠纷。遇到争议时，优先通过劳动仲裁维护权益。