低保户儿子将资金存入微信账户，一般情况下不会被主动查询，但存在被核查的可能性。具体如下：

1. 常规情况下不主动查询

   民政部门在低保审核时，主要核查申请人的银行账户、股票、债券等金融资产，微信、支付宝余额通常不在重点检查范围内。若资金未通过银行卡转账，可能不会被纳入核查。

2. 可能被核查的情况

   • 资金来源异常 ：若资金通过红包、转账等方式流入微信，且与低保资格无关，可能被追溯资金流向。

   • 银行流水关联 ：若微信资金与银行卡存在异常转账记录（如大额提现、频繁转账等），可能触发银行流水核查。

   • 举报或专项检查 ：若存在举报或上级部门要求，可能对所有家庭成员的财产进行交叉核查。

3. 法律依据与建议

   根据《民法典》规定，夫妻共同财产需申报，但低保审核通常以家庭为单位，不区分成员个人财产。建议低保户在申请时如实申报所有财产，避免因资金转移引发误判。

总结 ：低保审核中微信资金一般不会被主动查询，但需注意资金来源合规性，避免因异常交易影响审核结果。