根据《中华人民共和国道路运输条例》及相关法律规定，跑黑车被运管查处时，拒绝承认违法行为是不允许的，且需依法承担相应责任。具体处理方式如下：

1. 法律后果不可否认

   无论是否承认，非法营运行为均属违法。根据《道路运输条例》第六十三条，未取得经营许可擅自营运的，将面临罚款、扣车等处罚。

2. 处罚标准明确

   • 罚款金额 ：有违法所得的，处2-10倍罚款；无违法所得或不足2万元的，罚款3-10万元。

   • 扣车与车辆处理 ：运管可依法扣留车辆，若使用伪造证件，还可能面临拘留。

3. 拒绝承认的应对措施

   • 配合调查 ：建议主动配合执法，提供车辆信息、行驶记录等证据，避免因拒不签字导致处罚无效。

   • 申诉途径 ：若对扣车或罚款有异议，可在规定时间内申请行政复议或提起行政诉讼，要求确认处罚违法。

4. 刑事责任风险

   情节严重（如超载、暴力营运等）可能构成犯罪，需承担刑事责任。

总结 ：拒绝承认非法营运行为将面临更严厉的法律制裁，建议主动配合调查并保留**证据。