国家档案馆馆长行政级别与机构层级直接挂钩，具体可分为国家、省、州（市）、县四级设置，馆长分别为副部级、副厅级、副处级和副科级，需注意此处副处级指州、地级市级别的档案馆长，需与省级下辖行政区的机构区分。

国家档案馆馆长为副部级，由国务院任命，其行政级别与国家部委副部长相当，但实际职权与影响范围低于内阁正职；省级档案馆长为副厅级，通常由省级政府任免；州或地市级档案馆长为副处级，属地方政府管理的中级干部序列；县档案馆长为副科级，一般纳入县委组织部备案管理，与县内其他同级别部门负责人相当，但受职能属性限制，实际调配空间较小。中美差异方面，美国国家档案与记录管理局馆长由总统直接任命，虽为联邦高官，但按中国行政体系类比或接近副司局级，明显低于本国同类机构。

基层档案馆虽被称作“清水衙门”，近年却陆续曝光贪腐案例，腐败形式集中于虚报专项经费、违规占用公物、套取职工福利等隐蔽手段，凸显监督薄弱环节。需正视非经济发达部门亦存廉政风险，强化审计与纪律约束是关键。