科三被车管所取消显示负分的原因及处理方式如下：

一、主要原因分析

1. 取消考试减少机会

   车管所系统将取消考试视为已进行一次考试，直接扣除1分。例如因故取消或主动取消考试，均会导致考试次数减少。

2. 缺考或违规作废

   若因未参加考试（缺考）或考试中存在作弊等违规行为，系统会按缺考或作废处理，同样扣除1分。

二、处理建议

• 避免随意取消 ：若非紧急情况，建议保留考试机会，避免因取消导致成绩受损。

• 补考规则 ：若因取消产生负分，可正常预约补考（科目三共5次机会，取消后剩余4次）。补考需间隔10天重新预约，且每次考试有2次机会。

三、特殊情况说明

• 疫情取消不计次数 ：若因疫情等不可抗力因素取消考试，系统不计入已用次数，不影响后续考试。

• 成绩作废重考 ：若因作弊等严重违规导致成绩被车管所直接作废，需重新参加全部科目考试。

总结 ：负分主要与考试机会减少相关，建议考生严格遵守考试规则，避免因操作失误影响成绩。