柠檬云财务软件虽然功能强大，但存在以下缺点：操作复杂、适配性有限、收费模式较高等问题。

1. 操作复杂：柠檬云财务软件虽然功能全面，但部分用户反馈其界面不够直观，尤其是对于不熟悉财务软件的用户，学习成本较高，难以快速上手。

2. 适配性有限：由于柠檬云财务软件需要与其他系统或软件进行数据交互，使用过程中可能会遇到兼容性问题。例如，某些版本的Excel或其他财务软件可能无法与柠檬云顺利对接，导致数据导出或导入困难。

3. 收费模式较高：尽管柠檬云提供免费版本，但其高级功能需要付费订阅，且价格相对较高。对于预算有限的中小企业而言，这可能是一个较大的经济负担。

4. 筛选功能有限：用户在处理财务数据时，可能会发现账本筛选功能不够强大，难以满足复杂的财务数据分析需求。

5. 数据迁移困难：一旦决定使用柠檬云，历史数据很难导出到其他平台。这种数据锁定性可能对企业的长期财务规划造成不便。

在使用柠檬云财务软件前，建议用户根据自身需求权衡其优缺点，尤其是对于需要频繁与其他系统交互或对预算敏感的企业，需谨慎考虑是否选择该软件。