新农合在二级甲等医院住院的报销比例一般为40%左右，具体比例可能因地区政策、费用分段等因素略有差异，部分地区对特殊人群（如老年人）或特定费用（如手术费）有额外补偿政策。

1. 基础报销比例
   二级甲等医院（通常为县级医院）住院治疗，新农合政策范围内的报销比例普遍为40%。这一比例高于三级医院（30%），但低于一级医疗机构（如乡镇卫生院60%-90%）。

2. 分段报销规则
   部分地区的报销比例会根据费用区间调整。例如，某些地区规定：住院费用300元以下报销30%，300-2000元报销70%，2000元以上报销50%。二级医院可能适用类似分段规则，需结合当地政策确认。

3. 特殊补偿政策

   • 手术费：1000元以内的按标准报销，超过部分可能按固定金额（如1000元封顶）计算。
   • 老年人优待：60岁以上参保者可能享受每日护理费补贴（如10元/天，上限200元）。

4. 注意事项
   实际报销比例受起付线、医保目录限制影响，自费项目不纳入报销。经济发达地区可能提高比例，欠发达地区则可能降低，建议提前咨询当地医保部门。

新农合报销政策旨在减轻农民医疗负担，但具体细则因地而异，参保人应详细了解本地规定以最大化保障权益。