根据2025年最新政策，农村合作医疗住院一年报销限额及政策要点如下：

一、年度报销总额限制

• 封顶线 ：每人每年累计最高报销40,000元，超过部分不予补偿。

二、分段报销比例（按医疗机构级别）

1. 一级医疗机构 （镇卫生院等）

   • 5000元以下部分：35%

   • 5000-10000元部分：40%

   • 10000元以上部分：45%

   • 特殊病种（如尿毒症、肿瘤放化疗）补偿年限额1.1万元。

2. 二级医疗机构

   • 5000元以下部分：40%

   • 5000-10000元部分：45%

   • 10000元以上部分：50%。

3. 三级医疗机构

   • 5000元以下部分：35%

   • 5000-10000元部分：40%

   • 10000元以上部分：45%。

三、其他注意事项

• 起付线 ：不同级别医疗机构起付线标准不同（如市外医院600元，市区二甲医院400元等）。

• 法律依据 ：依据《社会保险法》第二十九条，医保基金与医疗机构直接结算。

总结 ：报销次数无限制，但年度累计总额不超过4万元，具体比例和起付线因医疗机构级别而异。