填写了专项附加扣除但未能扣税的原因可能有以下几点：

1. 多处收入导致重复申报

如果纳税人在多处取得工资薪金，并同时在多个地方申报专项附加扣除，可能因重复扣除导致部分扣除未生效。根据政策规定，纳税人一个纳税年度内只能选择一处扣缴义务人办理专项附加扣除。

2. 扣除信息未及时确认或更新

专项附加扣除信息需要每年确认或更新。如果纳税人未在个人所得税APP中完成确认或更新操作，可能导致系统未正确应用扣除政策。

3. 不符合扣除条件或材料缺失

专项附加扣除需符合特定条件，例如子女教育需提供子女身份证件、教育证明等。若材料不完整或条件不符，可能导致扣除未生效。

4. 扣除金额未达到起征点

如果扣除金额较小，未达到个税起征点（如月收入低于5000元），则无法体现专项附加扣除的实际效果，因为个税已为零。

5. 未完成年度汇算清缴

专项附加扣除未在当月体现，可能需要在年度汇算清缴时申请退税。如果纳税人未完成年度汇算，则无法享受扣除带来的退税。

6. 政策适用范围限制

专项附加扣除仅适用于符合规定的支出项目，如子女教育、继续教育、大病医疗等。若申报项目超出政策范围，则无法享受扣除。

建议

为避免类似问题，建议纳税人：

• 检查是否重复申报专项附加扣除；
• 确保在个人所得税APP中完成年度专项附加扣除确认；
• 提供完整的扣除材料；
• 若月收入低于起征点，可选择年度汇算清缴时申请退税；
• 确认扣除项目是否符合政策范围。

如仍有疑问，可咨询当地税务机关或通过个税APP获取帮助。