我国共有​​31所副部级大学​​，这些高校的党委书记和校长均为副部长级中管干部，由中共中央直接任命，代表了国内顶尖的高等教育水平。其特点包括均为“双一流”“985工程”院校，机构层级仍按正厅局级设置但高层领导高配为副部级，且任命大会会有中组部干部出席。

​​1992年指定的14所副部级大学​​：北京大学、清华大学、中国人民大学、北京师范大学、中国农业大学、北京航空航天大学、北京理工大学、中国科学技术大学、复旦大学、上海交通大学、西安交通大学、哈尔滨工业大学、北京医科大学（2000年与北大合并）、西北工业大学。

​​2000年增列的7所副部级大学​​：浙江大学、南京大学、南开大学、天津大学、武汉大学、中山大学、四川大学。

​​2003年12月新增的11所副部级大学​​：吉林大学、华中科技大学、山东大学、厦门大学、中南大学、大连理工大学、同济大学、西北农林科技大学、东南大学、重庆大学、兰州大学。

国防科技大学为正军级院校，归中央军委直属，也属于广义的“副部级”范畴，但需注意其特殊性；“985工程”高校共39所，其中8所（如中央民族大学、华东师范大学、电子科技大学等）不属于中管高校。若想确认一所大学是否为副部级，可查询其党委书记或校长是否为副部长级中管干部，或参考中组部是否出席其相关任命大会。