医保断交三个月并不会导致医保账户清零，但会影响医保待遇的连续性和等待期的长短，具体情况如下：

1. 医保账户不会清零

根据相关政策，医保断交后，个人账户余额不会清零，依然可以使用。医保缴费年限是累计计算的，断交前的缴费记录不会消失，未来续保时可以继续累计。

2. 等待期的产生

医保断交超过三个月后，再次参保通常需要重新计算等待期。不同地区的政策可能略有不同，但一般会有3-6个月的等待期。在这段时间内，参保人无法享受医保报销待遇。

3. 累计缴费年限的重要性

医保的累计缴费年限决定了未来享受医保待遇的资格和水平。即使断交，累计缴费年限依然有效，不会因为断交而清零。尽早续保可以避免因等待期过长而影响医保待遇。

4. 建议与提示

为避免因断交影响医保待遇，建议在断交后尽快办理续保手续。如果因离职等原因断交，应尽快找到新的参保途径，确保医保的连续性。各地政策可能存在差异，建议咨询当地医保部门以获取更具体的指导。

医保断交三个月不会清零账户或缴费年限，但会影响医保待遇的连续性和等待期。建议及时续保，确保医保权益不受影响。