​​2025年新疆本科大学排名中，新疆大学和石河子大学表现最为突出，分列全国第127名和第140名，另有9所高校入围主榜前500强。​​

​​新疆大学作为“双一流”建设高校，全国排名第127位，其前身可追溯至1924年的新疆俄文法政专门学校，现已发展为拥有19个一级学科博士学位授权点的综合性研究型大学，优势学科涵盖马克思主义理论、化学及计算机科学，临床医学、电子信息工程等专业备受认可。​​

​​石河子大学以全国第140名紧随其后，由教育部与新疆生产建设兵团共建，作为“211工程”高校，其农学、临床医学及农林经济管理专业在国内外享有较高声誉，农学专业入选国家级一流本科专业建设点。​​

​​新疆医科大学位列医药类大学全国第25名，以临床医学、口腔医学及麻醉学为王牌专业，拥有4个博士后科研流动站及3个博士专业学位授权点，科研实力在医学领域表现亮眼。​​

​​综合类院校中，新疆农业大学（全国第299名）、塔里木大学（第318名）及新疆师范大学（第335名）表现稳健。新疆农业大学聚焦农业工程与生态学，塔里木大学则在干旱区生态修复领域独具优势，而新疆师范大学在师范教育与边疆文化研究领域成果显著。​​

​​财经类高校中，新疆财经大学全国排名第351位（财经类第37名），其统计学、会计学专业依托边疆经济特色形成差异化竞争力。​​

​​其他高校如喀什大学、新疆工程学院、新疆理工学院等虽未跻身主榜前500，但在区域内推动理工科及师范教育均衡发展，持续提升应用型人才培养能力。南疆地区教育提质扩容成为近年重点，喀什大学等地缘性院校规模与质量并重。​​

​​整体而言，新疆高校通过“双一流”建设与学科专业优化，逐步形成以综合性大学为龙头、多学科协同发展的格局，同时服务区域经济与产业发展需求，为边疆教育振兴提供了坚实支撑。​​