新疆历史上曾被以下国家或势力占领：

1. 准噶尔汗国（17世纪-18世纪）

   17世纪沙俄入侵后，新疆地区由准噶尔汗国统治，该汗国势力强大，与清朝、沙俄长期对峙。1757年清朝通过平定准噶尔之战，重新确立对新疆的统治。

2. 阿古柏政权（1864-1878年）

   1864年，中亚浩罕国军官阿古柏入侵新疆，建立“哲德沙尔汗国”，控制了新疆大部分地区。英国、沙俄等列强支持其分裂行动，导致新疆陷入混乱。

3. 沙俄（1871年-1881年）

   1871年沙俄以“保护侨民”为借口，强行占领伊犁地区，并通过《伊犁条约》割占中国约51万平方公里土地。这是清朝末年新疆领土丧失最严重的阶段。

4. 英国（间接支持）

   英国通过向阿古柏提供军火和外交支持，企图割裂中国领土。沙俄与英国甚至签订条约，承认阿古柏政权。

总结 ：新疆历史上主要被准噶尔汗国、阿古柏政权和沙俄占领，其中沙俄侵占的伊犁地区是清朝末年领土丧失的核心事件。19世纪后期，左宗棠等将领的军事行动最终收复了新疆大部分领土。