​​北京大学第一医院（简称北大医院）目前拥有五个院区，分别是中心院区（西城厂桥院区和西城府右街院区）、大兴院区、密云院区、太原医院及宁夏妇儿医院，形成“一院多区”的协同发展格局。其核心亮点为动态床位分配、智慧化诊疗系统及多学科协作（MDT）模式，尤其在​​大兴院区​​实现“全院一张床”管理并配备智慧化手术室，显著提升患者就诊效率。​​

北大医院的核心院区位于北京西城，其中​​西城厂桥院区​​（西安门大街1号）以综合医疗为主，涵盖内科、外科、眼科、皮科等科室，紧邻地铁4号线“平安里”站和6号线“北海北”站；​​西城府右街院区​​（府右街）则聚焦妇产科与生殖医学，服务特定群体需求。2023年启用的​​大兴院区​​（乐园路5号）作为重点新院区，定位“大专科、小综合”，设置肿瘤医学、介入治疗及急危重症中心，同时通过动态床位分配系统实现跨科室资源调度，保持99%以上的床位使用率。该院区搭建智慧化手术室与分诊平台，优化诊疗流程。

除核心院区外，北大医院通过兼并重组扩大服务覆盖。2019年起，​​原密云区医院​​更名为“北京大学第一医院（密云）”，成为区域医疗中心；同年控股​​太原医院​​，推动太原市妇产儿科服务升级；2021年接手​​宁夏妇儿医院​​，强化西北地区妇幼专科建设。目前五院区中，妇儿相关科室集中于大兴与府右街院区，肿瘤、介入等特色诊疗分布大兴，而疑难重症则依托中心院区MDT团队联合攻关。患者可根据专科需求选择就近院区就诊，如泌尿外科、肾脏内科优先至中心院区，妇产科、儿科及基础诊疗可至大兴或密云院区。