当货车驾驶员的驾驶证扣分超过3分时，驾驶员需要及时处理以避免进一步的处罚和不便。以下是详细的处理步骤和注意事项：

1. 1.及时处理违章：查询违章记录：驾驶员需要通过交管12123APP或当地车管所查询具体的违章记录和扣分情况。了解清楚每条违章的具体原因和扣分情况，有助于后续的申诉或处理。缴纳罚款：对于每条违章记录，驾驶员需要在规定时间内缴纳相应的罚款。逾期未缴纳可能会导致滞纳金的产生，甚至影响驾驶证的正常使用。
2. 2.参加学习与考试：驾驶证审验：如果一个记分周期内累计扣分达到9分至11分，驾驶员需要参加为期三小时的道路交通安全法律法规、交通安全文明驾驶、应急处置等知识的学习和考试。通过考试后，驾驶证才能恢复正常状态。满分学习：如果一个记分周期内累计扣分达到12分，驾驶员需要重新参加为期七天的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习，并通过考试。考试合格后，驾驶证才能恢复使用。
3. 3.驾驶证降级与恢复：降级处理：对于持有A1、A2、B1、B2等大型货车驾驶证的驾驶员，如果一个记分周期内累计扣分达到12分，驾驶证会被降级。例如，A1驾驶证可能会被降为A2，B2驾驶证可能会被降为C1。恢复驾驶证：如果驾驶证被降级，驾驶员需要根据相关规定重新参加考试或满足一定条件后，才能申请恢复原准驾车型。
4. 4.注意事项：及时处理：驾驶员应尽量在记分周期结束前处理完所有扣分和罚款，避免影响下一记分周期的正常使用。保持良好驾驶习惯：为了避免驾驶证扣分过多，驾驶员应严格遵守交通法规，保持良好的驾驶习惯，减少违章行为的发生。
5. 5.申诉与复议：申诉途径：如果驾驶员对某些违章记录有异议，可以通过交管12123APP或前往当地车管所进行申诉。申诉时需要提供相关证据，如行车记录仪视频、照片等。行政复议：如果对申诉结果不满意，驾驶员还可以申请行政复议，进一步维护自己的合法权益。

货车驾驶员在驾驶证扣分超过3分时，应及时查询违章记录并缴纳罚款，必要时参加学习和考试，处理降级问题，并保持良好的驾驶习惯。利用申诉和复议途径维护自身权益，确保驾驶证正常使用。通过这些步骤，驾驶员可以有效应对驾驶证扣分问题，避免不必要的麻烦和损失。