​​南京被认为“阴气重”主要源于其独特的地理气候、历史创伤与风水格局三重因素交织：长江以南的湿润气候形成天然阴冷氛围，六朝古都频繁的屠城惨剧积累沉重怨气，而“青龙低伏、白虎压顶”的失衡风水格局进一步强化了这种感知。​​

从地理气候看，南京位于长江以南，传统风水理论中“水南为阴”，加之季风气候带来的高湿度，使得冬季湿冷刺骨，阴雨天数占比高，阳光稀缺。这种气候特性被形象称为“望穿秋水”，尤其冬季的阴霾天气加深了城市的冷峻印象。

历史维度上，南京作为六朝古都，历经楚威王埋金镇王气、秦始皇断龙脉、太平天国屠城及1937年日军大屠杀等惨剧，累计死亡人数超百万。​​大量非正常死亡的冤魂传说与灵异事件（如长江大桥打桩漩涡、高校镇压阴气等）在民间广泛流传​​，形成集体心理暗示。

风水层面，南京虽坐拥“钟山龙蟠，石城虎踞”的绝佳格局，但青龙位钟山（400米）与白虎位清凉山（100米）高度悬殊，形成“白虎压青龙”的形煞。加之长江水龙过强而山龙势弱，阴阳失衡的气场被认为易招兵灾人祸，进一步强化阴气聚集的民间认知。

现代南京通过兴建跨江大桥调和风水，并依托高校文脉镇压阴气，但历史与自然的双重烙印仍使其阴郁标签难以消散。客观而言，这种感知更多是文化心理与自然环境的共振，不影响其作为文化名城的独特魅力。