北大化学系和清华化学系均为国内顶尖化学学科，但各有侧重：北大化学以百年底蕴、全学科国家重点和基础研究见长，清华化学则在工程应用、国际排名和交叉学科上更具优势。

1. 学科实力与历史底蕴
   北大化学系成立于1910年，是中国最早的公立化学系，5个二级学科均为国家重点学科，连续三次教育部评估蝉联第一。清华化学系始建于1926年，化学工程专业2024年软科排名全球第一，更侧重工程与技术创新。

2. 研究方向与特色
   北大化学注重基础科学，拥有无机、有机等5个传统强势学科，并设化学生物学等交叉方向。清华化学强调应用与跨学科，如纳米材料、有机光电子等，科研成果多次获国家技术发明奖。

3. 师资与资源
   北大化学院士10人，长江学者27人，实验教学中心为国家级示范。清华化学院士8人，拥有教育部重点实验室，设备先进且产学研结合紧密。

4. 就业与深造
   北大毕业生多投身科研院所和高校，基础研究人才突出。清华毕业生在化工、材料等领域就业广泛，出国深造比例高，企业认可度强。

选择建议：倾向基础科研选北大，偏重工程应用或国际发展选清华。两者均能提供顶尖平台，需结合个人职业规划。