在科目二考试中，扣5分的原因主要包括以下几种情况：

1. 中途停车 ：在考试过程中，如果考生中途停车，每次会被扣5分。

2. 车身压线 ：在倒车入库、侧方停车、曲线行驶等项目中，如果车身压线或出线，会被直接扣100分。

3. 未按规定路线、顺序行驶 ：例如，在倒车入库时未按照规定路线行驶，也会被扣100分。

4. 未在规定时间内完成 ：如倒车入库限时210秒，超过时限未完成会被扣100分。

5. 行驶中轮胎触轧车道边线 ：在侧方停车等项目中，如果行驶中轮胎触轧车道边线，每次会被扣10分。

6. 出库时不使用或者错误使用转向灯 ：在侧方停车出库时，如果不使用或者错误使用转向灯，会被扣10分。

7. 坡道定点停车和起步 ：车辆停止后，如果汽车前保险杠未定于桩杆线上且前后不超出50CM，或者车身距离路边缘线超过30CM但未超出50CM，都会被扣10分。

8. 其他细节问题 ：如忘记打转向灯、熄火等，也会导致扣分。

建议考生在考试前仔细熟悉每个项目的扣分标准，加强练习，避免因操作不规范而导致扣分。