工程量清单是建设工程招投标的重要依据，但实际操作中难免会出现清单未列项目的情况。对于这种情况，可采取以下措施妥善处理：

1. 核实清单与图纸的一致性：首先确认清单是否与施工图纸、设计文件一致。如果图纸中有明确要求实施的项目而清单中未列，则属于漏项。

2. 明确责任归属：根据《建设工程工程量清单计价规范》，清单的准确性和完整性由招标人负责。若漏项属于招标人编制失误，施工单位可提出补充申请。

3. 提交补充申请：施工单位应向发包人提交补充申请，说明漏项的具体内容及原因，并提供相关证明材料（如施工图纸、设计变更文件等）。

4. 协商确认单价：对于新增项目，双方需协商确认合理的综合单价。若合同中已有类似项目，可参考其单价；若无，则需根据市场价格或行业标准重新商定。

5. 签订补充协议：在达成一致后，双方应签订补充协议，明确新增项目的工程量、单价及结算方式，避免后续争议。

6. 确保结算依据明确：新增项目的计量和结算应以实际完成的工程量为准，并在补充协议中详细约定。

通过以上步骤，可以有效解决工程量清单中未列项目的问题，确保工程顺利进行并保障双方的合法权益。