如果科目三补考已经通过，但在网上查询显示不合格，可能的原因有以下几点：

1. 系统故障 ：电脑系统可能出现错误，导致您的考试成绩未能被正确录入。这种情况下，建议您先确认是否需要重新参加考试。

2. 数据延迟 ：您的考试成绩可能还没来得及更新到交管平台。成绩合格后，一般需要等待1-3天，在这期间请耐心等待，第四天再查询。

3. 信息未上传 ：如果考试后没有现场确认签字，交管平台可能会显示不合格。即便您认为自己通过了，考官确认的签字是成绩最终的证明。

4. 考试监管平台问题 ：有可能是考试监管平台在成绩自动上传时未上传成功或只上传了一次成绩导致。

5. 身份信息错误或网络故障 ：可能存在考员身份信息错误或网络故障，导致成绩未能正确显示。

建议

• 耐心等待 ：首先，给系统一些时间来更新和上传数据。通常需要等待1-3天。

• 现场确认 ：确认自己在考试后是否已经现场签字确认成绩合格。

• 联系驾校或交管部门 ：如果等待一段时间后仍然显示不合格，建议联系驾校或当地交管部门，了解具体情况并寻求帮助。

• 检查网络 ：如果系统反应慢，可以尝试刷新网络，看是否有改善。

通过以上步骤，您应该能够找到问题所在并解决科目三补考显示不合格的问题。