内部审计查出问题的处理需遵循规范流程，结合问题性质采取针对性措施，具体可分为以下五个步骤：

一、问题记录与分析

1. 详细记录 ：对发现的问题（如制度缺陷、操作不当、舞弊行为等）进行分类记录，明确性质、金额、影响范围及证据依据。

2. 原因分析 ：深入剖析问题根源，评估风险等级，为后续整改提供科学依据。

二、通知与沟通

1. 及时通报 ：将问题及建议方案通知被审计单位、上级领导及监管部门，确保各方了解情况。

2. 协商改进 ：与被审计单位共同探讨解决方案，明确整改责任人和时间节点。

三、分类处理措施

1. 直接处理 ：对属于审计职权的违规违纪问题（如舞弊、偷税漏税），直接下达审计决定并督促整改。

2. 移送处理 ：将非职权范围问题（如刑事责任）移送司法机关或相关部门处理。

3. 制度完善 ：针对管理漏洞提出改进建议，推动修订内控制度或政策文件。

四、跟踪与验证

1. 监督进展 ：定期检查整改情况，确保措施落实到位，避免问题反复。

2. 视同整改 ：因客观原因无法彻底整改的问题，可按程序确认为完成整改。

五、后续管理

1. 责任追究 ：对整改不力的个人或部门进行问责，形成震慑。

2. 经验总结 ：完善审计流程和制度，防止类似问题再次发生。

注 ：处理过程中需注重职业判断与风险控制，避免因程序瑕疵影响审计关系。