​​非独立核算的分支机构不单独认定个人所得税，而是由总机构汇总缴纳。​​ 关键点在于：​​纳税主体仍为总公司​​、​​税款统一申报​​、​​分支机构无独立纳税义务​​，具体执行需遵循税务机关属地管理要求。

1. 非独立核算分支机构在法律上不具备独立纳税人资格，其收入、成本均纳入总公司财务报表，个人所得税由总公司代扣代缴。员工工资薪金所得由实际用工单位（即总公司）申报，即便员工在分支机构工作。

2. 总机构需将分支机构员工的工资、劳务报酬等应税所得合并计算，按月或按次预扣预缴个税。分支机构所在地税务机关可能要求备案用工信息，但不会单独核定个税申报义务。

3. 特殊情况下，如跨地区经营的总分支机构，需按《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》协调税款分配，但个人所得税仍由总机构所在地统一缴纳，分支机构无需重复申报。

若分支机构后期转为独立核算，则需以自身名义进行税务登记并独立履行个税扣缴义务。实际操作中，企业应同步关注地方性征管细则，避免因理解偏差导致合规风险。