内蒙古职工医保报销比例受多种因素影响，以下是一些可能导致报销比例相对较低的原因：
起付线设置
住院起付线：在内蒙古，不同级别的医院住院起付线不同。例如，在三级乙等医院首次住院起付线为800元，二级医院首次住院起付线为500元，二级以下医院首次住院起付线为300元。参保人员在住院时，需要先自行承担起付线以下的费用，这部分费用不能报销，所以如果医疗费用没有超过起付线，就无法享受医保报销，或者医疗费用刚好超过起付线一点，报销比例就会相对较低。
门急诊起付线：门急诊（限三天内）发生的符合“三个目录”内的医疗费用，统筹基金支付比例为70%。但如果医疗费用没有达到一定的金额，可能报销的金额相对较少，让人感觉报销比例不高。
报销比例的规定
基本医疗保险报销比例：在起付线以上、最高支付限额以下的部分，由统筹基金和参保人员按“分段计算，累加支付”的办法按比例支付。但具体的比例会根据医院级别、费用段等因素有所不同，整体报销比例可能在50%-70%左右。例如，在一些情况下，参保人员可能需要承担30%-50%的费用，这就导致报销比例相对较低。
乙类药品和诊疗项目的限制：参保人员使用乙类药品和用基本医疗保险支付部分费用诊疗项目治疗的，其费用均由本人支付10%，其余部分由统筹基金、职工大额医疗保险基金和个人按规定比例支付。这意味着在使用这些药品和诊疗项目时，个人需要先承担一定比例的费用，从而降低了整体的报销比例。
医用耗材自付比例：医用耗材自付比例按自治区医疗保障有关规定执行，其余部分由职工大额医疗保险基金和个人按规定比例支付。如果在治疗过程中使用了较多的医用耗材，个人可能需要承担较高的自付费用，进而影响报销比例。
医保目录的限制
药品目录：医保药品目录有一定的范围，一些进口药、新药可能不在目录内，或者虽然在目录内但有使用限制。如果参保人员使用的药品不在医保目录内，或者超出了使用限制，就需要全部自费，这会使得报销比例下降。
诊疗项目目录：一些特殊的诊疗项目，如某些先进的检查、治疗技术，可能不在医保目录内，或者需要个人先支付一定比例的费用。如果参保人员选择了这些目录外的诊疗项目，就需要自行承担全部或部分费用，从而降低了报销比例。
异地就医政策
未办理异地就医备案：如果参保人员在异地就医时，没有提前办理异地就医备案手续，可能需要先自行承担一定的费用，然后回参保地进行手工报销。同时，异地就医的报销比例可能会降低，例如在异地临时就医，其住院医疗费用统筹基金支付比例在规定基础上降低5%。这就可能导致参保人员在异地就医时，报销比例相对较低。
医保基金的运行模式
以收定支、收支平衡、略有结余：医保基金的运行模式决定了报销比例不能过高，否则可能导致基金的收支失衡。为了保证医保基金的可持续性，需要在保障参保人员基本医疗需求的同时，控制基金的支出，所以报销比例有一定的限制。
个人账户的影响
个人账户余额的使用：职工医保的个人账户余额可以用于支付门诊医疗费用、定点药店购药费用等。如果参保人员在就医过程中，优先使用个人账户余额支付，那么统筹基金的报销比例就会相对降低，因为个人账户的费用是个人已经缴纳的部分，不属于统筹基金的报销范围。