根据《医师定期考核管理办法》规定，医师定期考核不合格会有以下后果：

• 暂停执业活动：卫生行政部门会责令其暂停执业活动 3 个月至 6 个月，并接受培训和继续医学教育。
• 限制评优和晋升：若再次考核合格，允许其继续执业，但该医师在本考核周期内不得评优和晋升。
• 注销注册：若再次考核仍不合格，由卫生行政部门注销注册，收回医师执业证书。

医师定期考核不合格还可能带来一些间接影响：

• 影响征信：医师暂停停业、注销注册等信息在政府征信系统中长期留存，形成负面评价。
• 降低行业竞争力：考核结果是检验医师执业水平的动态反映，考核不合格者在求职、竞聘、晋升职级职称、评优评先等情况时相对弱势。
• 增加执业风险：医师有受到行政处理的可能，并在发生医疗纠纷时增加被动因素。
• 限制自由执业权：部分省份已将定期考核结果与医师执业注册挂钩，凡 2 年内无定考合格记录的医师，省外转入省内的一律不接受，省内医师直接注销注册。

同时，未在规定时间内参加医师定期考核的，也会被认定为考核不合格。如果连续两个考核周期都缺考，那么除了会影响注册变更外，医师执业证书还可能会被强行注销，且个人或其所在的医疗、预防、保健机构应当自知道或应当知道之日起 30 日内，向注册主管部门报告并办理注销注册。