公务员申论和事业编申论（通常称为综合应用能力）在多个方面存在显著差异，以下是一些具体分析：
一、考试目的与性质
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公务员申论：是公务员考试的重要科目，主要测查从事机关工作应当具备的基本能力的考试科目，侧重于考查考生是否具备公务员所需的综合素质，如阅读理解能力、综合分析能力、提出和解决问题能力、文字表达能力等。
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事业编申论：不同地区和单位的事业编考试对申论的侧重点有所不同。有的地区事业编考试中的申论（或综合应用能力）更注重考查考生在实际工作中处理问题的能力、沟通协调能力以及对特定领域知识的应用能力等，其目的是选拔出符合事业单位岗位要求的专业人才。
二、材料内容与主题
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公务员申论：给定的材料通常围绕社会热点、政策法规、政府工作等方面展开，具有较强的政治性和宏观性，涉及的主题多为当前社会的重大问题，如经济发展、社会治理、环境保护、文化传承等。
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事业编申论：材料内容相对较为贴近日常工作场景和具体业务领域，可能涉及到教育、医疗、科技、文化等行业的具体问题，主题相对微观，且具有一定的专业性和实用性。
三、题型设置与要求
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公务员申论：常见的题型有归纳概括题、综合分析题、提出对策题、贯彻执行题、文章写作题等。题目要求考生能够准确把握材料的主旨和要点，进行全面、深入的分析和思考，并提出合理的解决方案和建议。
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事业编申论：除了上述常见题型外，还可能包括案例分析题、公文改错题、简报撰写题等具有较强实用性和操作性的题型。部分事业编考试的申论题目可能会更加注重考查考生的实际工作能力，如组织协调能力、沟通能力、应急处理能力等，要求考生能够根据给定的材料和情境，提出具体的工作方案和措施。
四、答题风格与字数要求
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公务员申论：答题风格要求较为严谨、规范，语言表达要准确、简洁、流畅，逻辑严密。文章写作一般要求字数在800字到1500字左右，需要考生具备较强的文字功底和逻辑思维能力。
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事业编申论：答题风格相对较为灵活，可根据不同的岗位和题型要求有所调整。例如，在一些应用文写作中，语言可以更加通俗易懂、生动形象；在案例分析中，则需要结合实际情况进行分析和阐述。字数要求一般在500字到1200字不等，相对较短。
五、评分标准
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公务员申论：评分标准相对较为严格，主要从观点明确、内容充实、结构合理、语言表达、论证有力等方面进行综合评价。对答案的准确性、完整性和规范性要求较高，通常会按照一定的采分点给分。
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事业编申论：评分标准则相对灵活一些，除了考虑上述因素外，还会更加注重考生的实际操作能力和解决问题的能力。对于一些创新性的观点和独特的见解，也会给予适当的加分。部分事业编考试的申论评分可能会根据岗位的特点和需求进行适当调整。
考生在备考时应根据自己的报考目标和所考岗位的要求，有针对性地进行复习和准备，提高自己的应试能力和综合素质。