根据相关财务和税务规定，承包国有企业时按时缴纳承包费用在计算企业所得税和个人所得税时的处理方式如下：

一、企业所得税处理

1. 承包费用性质

   承包费用若计入盈余公积或未作为成本费用列支，则在计算企业所得税时不允许扣除。

   • 关键点 ：需确认承包费用是否已作为当期成本费用核算。若未核算，则需调整会计处理方式，将费用计入当期损益，从而允许税前扣除。

2. 调整建议

   若承包费用长期未入账，需进行会计差错更正，补提相关费用并调整以前年度损益，确保符合税法规定。

二、个人所得税处理

1. 允许扣除的依据

   承包经营收入属于经营所得范畴，按时缴纳的承包费用作为成本支出，允许在计算个人所得税时扣除。

   • 公式 ：应纳税所得额 = 经营收入 - 成本费用（含承包费用）。

2. 申报要求

   需提供合法有效的承包合同、费用凭证等材料，以证明费用的真实性和合理性。

三、注意事项

• 合同条款 ：承包合同中应明确费用核算方式及纳税义务人，避免因条款模糊引发税务风险。

• 税务咨询 ：若存在会计处理争议，建议咨询专业税务机关或会计师，确保合规性。

按时缴纳承包费用对降低税务风险、保障双方权益至关重要，需结合实际情况规范财务处理。