处理版权许可合同纠纷可以采用以下几种方式：

1. 协商解决

协商是解决版权许可合同纠纷的首选方式。双方当事人可以就争议事项进行沟通协商，基于平等自愿的原则，寻求双方都能接受的解决方案。这种方式较为高效且能维持双方的合作关系。

2. 调解

如果协商不成，可以寻求第三方调解机构或相关行业组织的帮助。调解机构会根据具体情况提出合理的调解方案，促使双方达成和解协议。

3. 仲裁

若双方在合同中约定了仲裁条款，可向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁具有专业性、高效性和保密性等特点，仲裁裁决具有终局性，对双方均有约束力。

4. 诉讼

如果协商、调解不成且没有仲裁约定，当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，双方需提供充分证据支持自己的主张，由法院依法作出判决。

5. 其他补充措施

• 合同修订：双方可以重新审视合同条款，修订不合理或模糊的条款，避免类似的纠纷再次发生。

• 专家评估：双方可以请专业人士对纠纷进行评估，并提出专业意见，作为解决纠纷的参考依据。

在处理版权许可合同纠纷时，建议当事人根据具体情况选择合适的处理方式，并在必要时寻求专业的法律意见。