《终极笔记》的版权被回收，主要是因为版权授权到期以及相关的版权纠纷问题。

版权授权到期

2013年，欢瑞世纪制作公司买断了《盗墓笔记》1至9部的六年电视剧改编权。《终极笔记》是欢瑞世纪在版权期内制作的。2019年，欢瑞世纪将《盗墓笔记》第4至7部的改编权转手卖给爱奇艺，爱奇艺随后委托灵河文化拍摄了《终极笔记》。2019年版权到期后，南派三叔（徐磊）收回了版权。

版权纠纷

欢瑞世纪认为，只要在六年内完成所有剧集制作并获得发行许可，改编权可以顺延四年。但南派三叔认为，网络剧与电视剧的版权规定不同，不适用延期原则。这导致双方在版权延期问题上产生分歧，并最终对簿公堂。

创作理念差异

南派三叔对《终极笔记》的改编并不完全认同。《终极笔记》在改编过程中可能并未完全遵循原著的创作理念，或者与南派三叔后续的创作思路存在差异。这也可能是他收回版权的原因之一。

利益分配问题

版权回收还可能涉及利益分配问题。欢瑞世纪在版权转手过程中赚取了较大差价，这可能让南派三叔对版权的进一步授权产生了顾虑。