征地补偿款的扣除需严格依据法律法规和程序进行，乡镇能否扣除及扣除比例需结合具体情况判断，具体分析如下：

一、乡镇能否直接扣除征地补偿款？

一般不能直接扣除 。征地补偿款属于专款专用资金，应直接发放给被征地农民，乡镇政府仅能负责管理和监督征地工作。特殊情况下，若被征地农民未履行法定义务（如未缴纳相关费用）且经法定程序批准，可依法扣除相应款项，但需有明确法律依据和程序。

二、可能的扣除情形

1. 被征地农民未履行义务

   若被征地农民未按规定缴纳征地补偿款、安置补助费等费用，且经乡镇政府依法调查、村民会议讨论同意，并报县级政府批准后，可扣除其应得款项。

2. 公共设施或税费扣除

   可能扣除用于公共设施建设、土地整理、青苗补偿等必要费用，或依法应缴税费（如耕地占用税）。

3. 争议处理费用

   因土地纠纷或补偿争议产生的评估、法律咨询等费用，经法定程序确认后可从补偿款中扣除。

三、扣除比例与程序要求

1. 无统一标准

   扣除比例因地区政策、土地类型及具体项目而异，无全国统一标准。

2. 村民会议决策

   乡镇截留征地补偿费（如20%-30%）需经村民会议讨论同意，擅自截留属违规行为。

3. 费用公示与审计

   扣除费用需向被征地农户公示，确保合法合规，并接受审计监督。

四、法律依据与救济途径

• 法律依据 ：《土地管理法》第四十八条、第五十条等规定征地补偿款的使用原则及程序。

• 救济途径 ：若认为补偿款扣除不合法，可通过申请行政复议或提起行政诉讼维护权益。

总结 ：乡镇直接扣除征地补偿款需严格依法进行，普通情况下无权擅自操作。若涉及扣除，需符合法定情形并履行民主决策程序。