牙科诊所最怕的监管部门主要包括卫生行政部门和市场监督管理部门，具体如下：

1. 卫生行政部门（如卫健委/卫生局医政科）

   负责医疗机构的资质审批、执业登记及日常监管，对违规行为（如无资质诊疗、消毒不达标等）进行处罚，严重者可吊销执业许可证。

2. 市场监督管理部门

   监管诊所的经营行为，包括虚假宣传、价格欺诈、营业执照违规等问题，可依法查处并实施罚款、没收违法所得等处罚。

3. 其他相关部门

   • 卫生投诉与纠纷 ：患者可通过12320卫生热线或卫生局医政科投诉，涉及医疗纠纷可向医调委申请调解。

   • 工商与消费者权益 ：针对虚假宣传或服务纠纷，可向工商部门或消费者协会投诉。

   • 医疗质量与卫生问题 ：卫生部门重点检查诊疗规范执行情况，卫生条件不达标可能导致处罚。

总结 ：牙科诊所的核心风险来自卫生和经营监管，需重点配合卫生局、市场监管局等部门，同时建立内部投诉机制以提升服务质量。