根据我国相关法律法规，工程三次审计的合法性需结合具体情况判断，但原则上不禁止。以下是关键分析：

1. 法律依据

   • 《审计法》第二十八条规定，审计机关可对特定事项进行专项审计，未明确禁止多次审计。

   • 国有资产或政府投资的重大工程，审计机构通常拥有多轮审计权限。

2. 审计类型与目的

   • 基础审计 ：按工程总投资额计取，为保底费用。

   • 审减（增）额审计 ：根据实际审减或增额比例收费。

   • 二次/三次审计 ：主要针对结算、质量或合规性问题，属于专项审计范畴，尤其在政府项目或存在争议时常见。

3. 操作规范

   • 需明确审计目标（如资金使用、工程质量），组建专业团队实施。

   • 审计结果需形成书面报告，提出整改建议并督促落实。

4. 争议解决

   • 若对审计结果有异议，可委托第三方鉴定机构进行复核。

结论 ：工程三次审计在法律上无明确禁止，但需符合审计程序规范，且通常仅针对特定问题开展。建议通过合同约定或法律途径明确审计次数及范围，以降低纠纷风险。