科目二考试中，中途停车是被允许的，但会根据具体情况进行扣分。

在科目二考试中，考生需要完成倒车入库、侧方停车、直角转弯、曲线行驶和坡道定点停车与起步等项目。根据考试规则，除了坡道定点停车与起步项目外，其他项目中如果考生需要中途停车，一般会进行扣分。

1. 倒车入库：在倒车入库过程中，如果考生需要中途停车调整车辆位置，是被允许的。但如果停车时间过长或超出规定范围，将会被扣分。

2. 侧方停车：侧方停车过程中，考生可以在不影响考试成绩的情况下进行中途停车，但同样需要注意停车时间和位置，避免因超出规定范围而被扣分。

3. 直角转弯：直角转弯项目中，考生一般不允许中途停车。如果考生在转弯过程中停车，将被视为考试不合格。

4. 曲线行驶：在曲线行驶项目中，考生也不允许中途停车。如果考生在行驶过程中停车，将会影响考试成绩。

5. 坡道定点停车与起步：这个项目中，考生需要在规定的时间内完成定点停车和起步操作。如果考生在操作过程中停车，将会影响考试成绩。

总结：科目二考试中，中途停车是否会被扣分取决于具体的考试项目和停车情况。考生在考试过程中应尽量避免不必要的停车，以确保考试顺利进行。如果考生在考试过程中遇到困难，应及时向考官求助，避免因操作不当而影响考试成绩。