低保户被查到有存款但实际无存款的情况，可能涉及以下处理方式：

一、核查与解释要求

1. 主动配合核查

   民政部门可能通过银行账户、收入核对平台等抽查性核查低保户财产状况，需如实提供存款信息及用途说明。

2. 存款来源与用途说明

   若存在存款，需明确说明来源（如继承、赠与、劳动收入等）及用途（如医疗、教育、生活必需等），并提供银行流水等证明材料。

二、处理结果与后续措施

1. 存款未超标处理

   若存款未超过当地规定的低保资产标准（如年低保标准的3倍），可继续享受低保待遇，但需保持信息透明。

2. 存款超标处理

   • 取消资格并追回低保金 ：若存款超标且存在故意隐瞒，可能被取消低保资格并需退还已发放的低保金。

   • 调整补助标准 ：若存款超标但属合理增长（如突发收入），可申请保留低保资格或调整补助金额。

三、法律风险与申诉途径

• 骗保责任 ：若存在故意隐瞒存款骗取低保金行为，可能面临刑事处罚（如诈骗罪）。

• 申诉权利 ：对处理结果有异议时，可通过合法途径申诉或寻求法律援助。

建议 ：低保户应主动了解当地政策标准，如实申报财产，避免因信息不对称引发纠纷。若被核查，积极配合调查并提供证明材料，以最大限度保障自身权益。