建档立卡和低保户住院报销的差异主要体现在报销比例、封顶线和覆盖范围上。总体而言，建档立卡贫困户的报销比例和封顶线通常高于低保户，且覆盖的医疗项目和药品范围更广。

1. 1.报销比例：建档立卡贫困户：在住院治疗时，建档立卡贫困户的报销比例通常较高，一般可以达到80%-95%，具体比例根据地区政策和病种有所不同。部分地区对建档立卡贫困户实行“先诊疗后付费”政策，进一步减轻了他们的经济负担。低保户：低保户的住院报销比例相对较低，一般在70%-85%之间。虽然低保户也能享受较高的报销比例，但与建档立卡贫困户相比，仍有一定差距。
2. 2.封顶线：建档立卡贫困户：建档立卡贫困户的住院报销封顶线通常较高，部分地区甚至取消了封顶线，确保患者能够获得足够的医疗保障。低保户：低保户的住院报销封顶线相对较低，通常根据地区政策和病种设定一定的上限。这意味着在面对高额医疗费用时，低保户可能需要承担更多的自费部分。
3. 3.覆盖范围：建档立卡贫困户：建档立卡贫困户的医疗保障覆盖范围更广，包括基本医疗保险、大病保险、医疗救助等多个层次。一些地区还为建档立卡贫困户提供额外的医疗救助和临时救助，确保他们能够获得全面的医疗保障。低保户：低保户的医疗保障主要依赖于基本医疗保险和大病保险，虽然也能享受一定的医疗救助，但覆盖范围和力度相对较小。
4. 4.申请流程和条件：建档立卡贫困户：建档立卡贫困户的认定通常由当地扶贫部门进行，流程较为严格，但一旦被认定为建档立卡贫困户，便可享受相应的医疗保障政策。低保户：低保户的认定由民政部门负责，申请人需满足一定的家庭收入和财产条件。低保户的医疗保障政策相对稳定，但报销比例和封顶线较低。
5. 5.其他支持：建档立卡贫困户：除了医疗报销，建档立卡贫困户还可能获得其他形式的支持，如免费体检、药品补贴等。这些额外的支持措施有助于进一步提高他们的医疗保障水平。低保户：低保户在享受医疗报销的也可能获得一些社会救助和临时救助，但总体支持力度不如建档立卡贫困户。

建档立卡贫困户在住院报销方面通常比低保户享有更高的报销比例、更高的封顶线和更广的覆盖范围。这些差异反映了国家对不同困难群体的医疗保障政策的倾斜和关注。对于需要住院治疗的家庭，了解这些政策差异有助于更好地规划医疗费用，减轻经济负担。