​​员工申诉个税后若坚持不撤诉，企业需依法配合税务核查，同时可通过协商、补充协议或法律途径降低风险。关键点在于：​​

1. ​​核实申诉真实性​​，若属误会需提供工资凭证、劳动合同等材料澄清；
2. ​​主动沟通税务部门​​，说明情况并提交企业方证据；
3. ​​评估法律后果​​，如补税、罚款或信用影响，必要时寻求专业协助。

​​分点展开：​​

• ​​税务核查应对​​：税务机关受理申诉后会启动核查，企业需在规定时间内提交员工任职证明、薪资发放记录、个税申报明细等材料。若员工申诉属实（如虚报工资），企业需补缴税款及滞纳金；若申诉不实，可申请税务复核。
• ​​协商解决途径​​：与员工协商撤销申诉是高效方式，可通过书面和解协议明确双方责任（如补偿、更正申报），但需确保员工自愿撤诉，避免胁迫嫌疑。若员工拒绝，需留存沟通记录作为证据。
• ​​法律程序跟进​​：若申诉进入行政复议或诉讼阶段，企业应委托律师处理，重点核查员工申诉时效性（通常需在知悉问题后60日内提出）及证据链完整性。

​​总结提示：​​
企业应优先通过合规申报和内部沟通预防申诉，一旦发生需快速响应。若员工拒不撤诉，需依托法律和税务流程维护权益，同时优化薪酬管理以避免同类问题。