科二3小时无效学时可以通过以下方法进行补充：

1. 了解无效学时原因

无效学时可能由于上传过程中出现问题，或未遵守每天最多4个学时的规定。每天学习时长超过4小时的部分会被视为无效。

2. 合理安排学习计划

根据《机动车驾驶培训教学与考试大纲》，每天最多可学习4个学时（即240分钟）。如果当天已达到上限，剩余无效学时需调整到其他时间完成。

3. 选择额外培训课程

部分驾校提供额外的培训课程，学员可通过报名增加学时。但需注意，增加学时需遵守每天不超过4个学时的规定。

4. 咨询驾校获取帮助

向驾校咨询具体的补刷流程。驾校可能会提供在线学习平台或现场补刷服务，帮助学员完成剩余学时。

5. 利用周末或假期

如果工作日时间有限，可选择周末或假期进行集中学习，以便在规定时间内完成所有学时。

总结

补充无效学时需严格遵守每天4个学时的限制，并提前规划学习时间。如有疑问，及时向驾校或当地交通部门咨询，以确保学时记录的准确性和合法性。