三代税款手续费与退税的主要区别在于其性质、用途及适用对象。以下从多个方面详细阐述：

1. 定义与性质

• 三代税款手续费：指代扣代缴、代收代缴和代征税款的手续费，是国家为调动扣缴义务人、代征单位及个人的积极性而支付的奖励。根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条规定，税务机关按扣缴税款的2%支付手续费，但年度支付总额不超过70万元。
• 退税：是指税务机关退还纳税人已缴纳的税款，通常因税收政策调整、多缴税款或符合特定条件而退还。

2. 用途与对象

• 三代税款手续费：主要用于补偿扣缴义务人、代征单位或个人在税款代扣代缴、代收代缴及代征过程中产生的相关成本。例如，企业代扣代缴员工个税时，可申请手续费返还以弥补管理成本。
• 退税：则直接退还给纳税人，用于弥补其因多缴税款或符合退税条件而造成的损失。

3. 申请流程与时间限制

• 三代税款手续费：需由扣缴义务人或代征人在每年3月31日前向税务机关提交申请资料，逾期未提交视为自动放弃。
• 退税：纳税人可随时申请，但需提供相关证明材料，如多缴税款证明或符合退税政策的证明。

4. 适用范围

• 三代税款手续费：仅适用于代扣代缴、代收代缴和代征税款的行为，不包括税务机关、司法机关查补或责令补扣的税款。
• 退税：适用于所有符合条件的纳税人，如因税收政策调整或特殊原因多缴税款的个人或企业。

5. 政策依据

• 三代税款手续费：依据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条及相关税收政策。
• 退税：依据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关税收政策。

总结

三代税款手续费与退税在性质、用途、申请流程及适用范围上均有显著差异。手续费是税务机关对扣缴义务人的奖励，需按年度申请；而退税则是退还纳税人多缴税款，申请流程灵活。企业或个人应根据自身情况选择合适的申请方式，避免错失政策红利。