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农村自建房院子是否计入面积需根据具体情况判断，主要分为以下情形：

一、计入宅基地总面积

1. 一般情况

   根据《农村宅基地管理办法》第十一条，宅基地面积计算包括建筑物、构筑物及其附属设施（如院子）所占土地面积。院子作为自建房的附属部分，通常会被纳入宅基地总面积核算。

2. 面积限制

   各地对宅基地总面积有明确限制（如三人及以下农户不超过75平方米），超出部分可能不予认可。

二、不计入建筑面积

1. 功能区分

   建房面积通常指具有居住、生产等建筑功能的建筑物占地，而庭院主要用于休闲、晾晒等非建筑功能，因此一般不计入建筑面积。

2. 特殊情况

   若院子被改造为具有建筑功能（如搭建临时建筑），需符合当地建筑规范，可能需另行申请建设用地，此时可能计入建筑面积。

三、法律与政策差异

• 法律定义 ：《土地管理法》规定宅基地面积包含附属设施用地，但未明确提及“院子”的具体界定。

• 地方政策 ：部分地区对院子面积有明确限制（如正房与院子的比例要求），超限可能面临拆除或补偿。

四、实际操作建议

1. 确认当地政策 ：不同地区对院子面积的计算标准存在差异，需以当地最新政策为准。

2. 土地登记 ：确权登记时，院子面积可能被记录，但不影响其非建筑属性。

3. 违规风险 ：超面积建设可能导致宅基地被收回，建议通过合法途径申请扩建。

农村自建房院子是否计入面积需结合土地性质、当地政策及具体用途综合判断，建议咨询当地土地管理部门获取准确信息。