小规模纳税人缴纳个人所得税的方式如下：

一、纳税义务人

1. 企业类型

   若小规模纳税人为企业（如公司、合伙企业），需为员工代扣代缴个人所得税。

   若为个体户或个人经营者，则需自行申报经营所得个人所得税。

二、申报方式

1. 代扣代缴（企业员工）

   • 由雇主通过电子税务局或税务系统，每月或按次代扣员工工资薪金等所得，并代缴个人所得税。

   • 申报流程：登录国税/地税系统 → 选择“个人所得税明细申报” → 填写工资薪金、专项扣除等信息 → 提交并缴款。

2. 自行申报（个体户/个人经营者）

   • 需在月度或季度终了后15日内，通过电子税务局或税务系统申报经营所得。

   • 申报流程：登录电子税务局 → 选择“经营所得申报” → 填写收入、成本、费用等信息 → 预缴税款并完成申报。

三、申报流程（通用步骤）

1. 登录系统

   通过国家税务总局或地方税务局官网，使用纳税人识别号和密码登录。

2. 填写信息

   • 代扣代缴：录入员工基本信息、所得项目及专项扣除。

   • 自行申报：填写经营所得收入、成本、费用及应纳税额。

3. 提交并缴款

   系统自动计算应纳税额后，通过在线支付完成缴款。

四、注意事项

• 个人所得税起征点为5000元，月收入减除三险一金、专项附加费等后，超出部分需纳税。

• 申报时需注意区分工资薪金所得与经营所得，两类所得适用不同税率。