小规模纳税人开具3%普票但按1%报税的关键点在于：正确填写增值税申报表的“应征销售额”和“减征额”，系统将自动计算1%实际税额，无需作废已开错的发票，但需避免长期错误开票以免引发税务风险。

1. 申报表填写流程
   登录电子税务局后选择“增值税申报表(小规模纳税人适用)”，在“应征增值税不含税销售额(3%征收率)”栏次填写所有开票收入（含3%普票），系统会自动在“本期应纳税额减征额”栏带出2%的减征额，最终按1%实际税率计税。

2. 减免税明细表填报
   需同步填报《增值税减免税申报明细表》，在“减按1%征收率”项目中填写对应的减免税额（销售额×2%），确保主表与明细表数据一致。

3. 错误开票的补救措施
   若误开3%普票，无需追回重开，直接按1%申报即可，但需在后续开票中纠正税率。长期错误开票可能被税务稽查，需谨慎操作。

合理利用政策可省税，但务必规范开票与申报，避免因操作不当引发风险。